いちおうの結論に逹っしたので、YouTubeに高画質アップロードしてみよう(簡単編)

  以下はあくまで現時点での実験結果を基にしたものです。今後YouTubeの仕様変更で結果が変わる可能性は充分に有ります。っていうか絶対に変わると思います。御了承下さい。(大事なことなのでまた言いました)
  ついでにこの方法が絶対に正しいという保証はどこにも有りません。過信は禁物です。

  ffmpegはここの最新版を使います。ちなみに私が使っているのはffmpeg-r13712-gpl-static-win32.tar.bz2。こないだ見た時はまだ最新版でした。あら、今見たら落ちてるわ。どうしちゃったのかしら。こちらでも大丈夫です。私がこないだ試したのは8月5日版でしたが、最新版で多分大丈夫でしょう。

  H264への変換は、まずはとりあえずこれを使ってみてください。例によってバッチファイルです。
YT_H264_sameq.bat
(右クリックメニューでダウンロード)

準備：
  「YT_H264_sameq.bat」のアイコンを「右クリック -> 編集」して、一行目
set FFMPEG_PATH=D:\ffmpeg\bin
の赤字部分を「ffmpeg.exe」を解凍したドライブ+フォルダ名に変更してください。
  例えば、「C:\ffmpeg」に解凍したならば、
set FFMPEG_PATH=C:\ffmpeg
てなかんじに。
  「ファイル -> 上書き保存」すれば準備完了です。

変換：
  変換したい動画ファイルを「YT_H264_sameq.bat」のアイコンにドロップしてください。変換が始まります。メジャーな動画フォーマットはだいたい変換できると思います。試してみて下さい。(いちおう参考。「D」が付いてるフォーマットは変換できるはずです。)

  いきなり
'ffmpeg' は、内部コマンドまたは外部コマンド、
操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。
(略)
続行するには何かキーを押してください . . .
というメッセージが出たら、上の「ffmpeg.exe」場所指定が間違っています。見直してください。
  上手く行っていれば、
Press [q] to stop encoding
frame= 2452 fps= 50 q=-1.0 Lsize=    8080kB time=81.64 bitrate= 810.7kbits/s
みたいな表示になります。変換中ですので、
続行するには何かキーを押してください . . .
が出るまでお待ちください。変換元ファイルと同じフォルダに、「変換元ファイル名_sameq.mp4」のファイル名でH264に変換されたmp4ファイルが作成されます。

あとはアップしておしまい：
  チェック用バッチファイル
ffmpeg_info.bat
  上の「YT_H264_sameq.bat」と同様に、一行目を変更してください。
  動画ファイルをドロップすると、その動画ファイルの情報が表示されます。
Input #0, ...
以降が動画情報です。「bitrate:」が600kbits/s～1000kbits/s台ぐらいならば、変換したファイルをそのままYouTubeにアップしちゃって問題無いと思います。

  ビットレートが600kbits/sより小さいと、「高画質で表示する」のリンクが出現しないみたいです。それでも「&fmt=18」で高画質表示は可能です。それでかまわないなら、そのままアップロードしちゃってください。「高画質で表示する」が出ないと嫌なら次のステップへ。

  「sameq」でビットレートが3000kbits/sとか行っちゃってると、ファイルサイズがかなり大きくなってると思われます。それでも問題無いなら、そのままアップロードしちゃってください。ファイルサイズを減らしたいなら、次のステップへ。

気持ち調整：
YT_H264.bat
  上の「YT_H264_sameq.bat」と同様に、一行目を変更してください。
  使いかたは上の「YT_H264_sameq.bat」と同じです。ビットレートを1000kbits/sにして変換します。元ファイル名の末尾にビットレート数値を付けたファイル名で保存します。

  低ビットレートな動画を変換したい場合はそのままドロップしちゃってください。それで問題無しだと思われます。
  高ビットレートな動画のビットレートを下げる場合は、ビットレートの調整が必要になるかもしれません。二行目の
set BITRATE=1000k
で調整してみてください。こちらを参考に。


時間の無駄：
  ここまでやっといてなんですが、こんな記事を発見しました。
だらりな。
YouTube は、ユーザがアップロードしたオリジナル・ファイルを全部消さずに置いてて、新しいフォーマットを採用したらそれ用に全部エンコードしなおすっていうすさまじいことをやってるから、

な、なんだってー！！ΩΩΩ

  多分ここ数日の実験が「時間の無駄」になってしまうのは時間の問題でしょう。まあ、「今が良ければそれでいいのよ」という事で。

ついでに：
  「高画質で表示する」のリンクはYouTube側の都合によっては出現までかなりの時間がかかる事があるようです。このテストの時は、最大12時間ぐらいかかったのが3件程ありました。他の動画はすぐに出現してたのに。待ってる間に別のアカウントに同じ動画をアップしてみたら、そちらはすぐに出現しました。しばらく待っても出現しない時は、消去してアップし直したほうが早いのかもしれません。
  でも条件を満たしていれば必ず出るようです。のんびり待ちましょう。URLに「&fmt=18」を付けても表示に変化が無ければ、まだYouTubeは変換作業中です。

  この変換方法はステレオ動画にも使えます。アスペクト比8:3なサイドバイサイド動画も、この方法で見られるYouTube3Dな横50%縮小の4:3動画に変換します。もちろんこれがメインの目的です。